Naxçıvan teatrının kökləri XIX əsrin son onilliklərinə gedib çıxır. Naxçıvan ziyalılarının Eynalıbəy Sultanovun rəhbərliyi ilə yaratdıqları “Müsəlman incəsənəti və dram cəmiyyəti” 1883-cü ildə Hacı Nəcəf Zeynalovun evində Mirzə Fətəli Axundzadənin “Müsyö Jordan və Dərviş Məstəli şah caduküni” əsərini səhnəyə qoydu. Bu ilk tamaşa Naxçıvanda teatr sənətinin başlanğıcı sayılır.
İlk illərdən sonra teatrın repertuarı sürətlə zənginləşdi. Axundzadənin “Molla İbrahimxəlil kimyagər”, “Lənkəran xanının vəziri”, “Hacı Qara” komediyaları, Nəcəf bəy Vəzirovun “Müsibəti-Fəxrəddin”, Əbdürrəhim bəy Haqverdiyevin “Dağılan tifaq”, Nəriman Nərimanovun “Nadir şah” kimi əsərləri Naxçıvan səhnəsinə gətirildi. Bu dövrdə teatr hələ təşkilatlanmamış həvəskar truppalar əsasında fəaliyyət göstərirdi.
XX əsrin ikinci onilliyində teatr həyatında ciddi dönüş yaşandı — ayrı-ayrı truppalar vahid kollektivdə birləşdi. Naxçıvan Xalq Komissarlar Sovetinin 1922-ci il 21 yanvar tarixli qərarı ilə Milli Teatrın əsasnaməsi təsdiqləndi, Naxçıvan Xalq Maarif Komissarlığının fevral tarixli əmri isə bu qərarı icraya yönəltdi. Həmin il teatra Dövlət Dram Teatrı statusu verildi və 1923-cü ildə Naxçıvan Dövlət Türk Dram Teatrı adı altında rəsmiləşdi.
Sovet dövründə teatr həm repertuar, həm də truppa baxımından böyüdü. 1960-cı illərin əvvəllərində teatr üçün yeni bina inşa edildi (1962–1964), musiqili tamaşalara da yer verilməyə başlandı və nəticədə teatr Musiqili Dram Teatrı statusu aldı. 1965-ci ildə teatra böyük yazıçı və maarifçi Cəlil Məmmədquluzadənin adı verildi — bu ad bu gün də teatrın rəsmi adının tərkib hissəsidir.
Onilliklər boyu Naxçıvan səhnəsi Azərbaycan teatr sənətinə çoxsaylı istedadlı aktyor, aktrisa və rejissor bəxş etdi. Səməd Mövləvi, Kazım Ziya, Əli Xəlilov, Xədicə Qazıyeva, Miribrahim Həmzəyev, Zəroş Həmzəyeva, Firuzə Əlixanova, İsa Musayev, Əyyub Haqverdiyev, Sofya Hüseynova kimi sənətkarların adı bu teatrın tarixi ilə sıx bağlıdır. Naxçıvanda fəaliyyət göstərən həvəskar xalq teatrları uzun illər teatrın peşəkar aktyor kadrları üçün əsaslı mənbə rolunu oynadı.
2008-ci ildə teatrın 125 illik yubileyi geniş şəkildə qeyd olundu — Azərbaycan Respublikası Prezidentinin sərəncamına əsasən Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri tərəfindən müvafiq tədbirlər həyata keçirildi. Bir il sonra, 2009-cu il 29 oktyabr tarixli sərəncamla teatra “Aparıcı teatr” statusu verildi.
2014-cü ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasının 90 illiyi ərəfəsində teatrın binası əsaslı şəkildə yenidən qurularaq müasir standartlara uyğunlaşdırıldı və ictimaiyyətin ixtiyarına verildi.
Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2022-ci il 26 aprel tarixli qərarı ilə, 140 illik yubileyi ərəfəsində, teatra milli mədəniyyətin təbliğindəki müstəsna xidmətlərinə görə “Milli” statusu verildi. Bu gün teatr Cəlil Məmmədquluzadə adına Naxçıvan Dövlət Milli Dram Teatrı adı altında fəaliyyətini davam etdirir, milli və dünya dramaturgiyasının nümunələrini Naxçıvan tamaşaçısına təqdim edir və Azərbaycan teatr sənətinin ən qədim ənənələrindən birini yaşadır.
